Я также столкнулся с той же проблемой. Я сделал отладку и обнаружил, что таблица catalog_product_super_link (parent_id) имеет внешнее ограничение с catalog_product_entity (row_id)
Эта проблема возникает, если данные в row_id и entity_id отличаются
Пример
catlog_product_entity
Должно быть так, как показано ниже
row_id entity_id
1 1
2 2
3 3
Но записи аналогичны приведенным ниже (значения обоих столбцов не совпадают
row_id entity_id
1 1
3 2
5 3
Для временного исправления я изменил ссылочный ключ с row_id на entity_id catalog_product_entity (как та же структура в выпуске сообщества)