Я не уверен, что есть лучший способ, но вы могли бы использовать это:
foreach ( var description in provider.ApiVersionDescriptions.OrderByDescending(x=>x.ApiVersion.MajorVersion.GetValueOrDefault()) )
{
options.SwaggerEndpoint($"/swagger/{description.GroupName}/swagger.json", description.GroupName);
}
Очевидно, вам нужно будет добавить еще один OrderBy, если у вас есть нечто большее, чем просто изменения MajorVersion. Вы можете написать собственное расширение OrderBy, если хотите.