Один из вариантов - отредактировать сгенерированный источник, просто добавив «частичное» к интересующим вас классам.
Затем вы можете добавить в отдельный файл (ы)
[GeneratedCode]
public partial class Foo
{
}
для каждого класса Foo, который вы сделали частичным
Тогда самое худшее, что может произойти при регенерации, это то, что частичная связь прервется (что приведет к ошибке компиляции, так что вы знаете, что это произошло, и нужно исправить (просто и легко).
Я бы также предложил вам подать ошибку / запрос на подключение с просьбой добавить это поколение атрибутов в качестве опции для самого sql metal.