Обычно для сборки исходного кода Windows CE вам нужен Platform Builder.
Это плагин для конкретной версии Visual Studio.
CE6 - VS2005
CE7 - VS2008
CE2013 - VS2013 / VS2015
Если вы планируете сборку для CE6, вам придется установить VS2005. Я не знаю, возможно ли это. Наверняка VS2008 работает.
Вы можете использовать виртуальную машину под управлением более старой версии Windows или, если у вас уже есть резервная копия папки WINCE600, вы можете установить VS2008 и Platform Builder и выбрать эту папку в качестве папки CEROOT. Это официально не поддерживается MS (и никогда не будет), но работает для меня и других людей, которым необходимо было использовать старые версии CE на новом ПК.