Кажется, ваша команда пытается сохранить исходную точку. Смотрите здесь:
$webConfigPath = Resolve-Path "MyFolder\Web.Config"
$webConfig.Save($webConfigPath)
Другими словами, ваш скрипт пытается сохранить собранные данные в команду в переменной $ webConfigPath, поэтому при указании другого пути к файлу он сохраняется правильно. Простое решение этой проблемы, как вы уже сделали, - изменить путь к полученному файлу. Если вам нужно использовать этот путь для дальнейших команд в вашем скрипте, вы можете бросить путь к файлу в его собственную переменную:
$savePath = "C:/test.xml"
... позволяя использовать переменную вместо повторного ввода пути.
Надеюсь, это поможет ответить на ваш вопрос!