Попробуйте использовать Driver.execute
для запуска теста. Это позволяет вам устанавливать кучу опций, передавая массив строк.
В этом случае попробуйте
val args = Array("--display-base", "16")
iotesters.Driver.execute(args, () => new RealGCD2) { c =>
new GCDPeekPokeTester(c)
} should be (true)