В документе, на который вы ссылаетесь, речь идет не об удалении MSDTC, а об удалении опции remote proc trans
из SQL Server.
Это относится исключительно к MSDTC-вызовам хранимых процедур между SQL-серверами (устаревший подход, замененный связанными серверами) и не имеет прямого отношения к доступу к SQL-серверу из .net framework.
EDIT
remote proc trans
- это параметр конфигурации SQL Server, который определяет, будут ли транзакции между 2 или более серверами SQL Server, где один сервер выполняет хранимую процедуру на другом, использовать MSDTC.
Насколько я понимаю, область транзакций .net имеет дело с транзакциями, инициированными платформой .net, которая может использовать или не использовать MSDTC. Транзакции SQL Server могут быть включены в область транзакций в MSDTC независимо от значения remote proc trans
.