Всплывающее окно должно быть инициировано после нажатие кнопки. Готовый документ будет загружен только один раз при загрузке страницы.
$("button").click(function() {
$("p").html('<a href="#" title="Header" data-toggle="popover" data-trigger="hover" data-content="Some content">Hover over me</a>');
$('[data-toggle="popover"]').popover();
});
https://jsfiddle.net/fLcz90q3/