Если он все еще работает, сделайте снимок с помощью docker commit (или docker commit --pause=false, если он не позволяет вам сделать это иначе). Затем дайте ему умереть и начните новый с изображения, которое вы сохранили с помощью commit.
ПРИМЕЧАНИЕ. Я не знаю наверняка, что это сработает (не пробовал), но если все остальное не сработает - и если у вас есть доступ к хосту, на котором работает контейнер, вы можете узнать, где файлы контейнера имеют docker inspect и извлекают каталог из того места, где докер хранит все объемные изображения (обычно /var/lib/docker).