Ну, svn:eol-style имеет смысл только для файлов, а не для каталогов, которые не имеют понятия конца строки. Если вы хотите установить свойство для всех версионных файлов в каталоге, используйте:
svn propset svn:eol-style native *
или рекурсивно для всех версионных файлов в текущем каталоге и его подкаталогах:
svn propset -R svn:eol-style native .
Редактировать после комментария:
Если вы хотите автоматически устанавливать реквизиты для новых файлов, отредактируйте раздел svn config file auto-props, чтобы применить свойства на основе шаблонов имен файлов.