Например,
git clone --depth 1 --recursive https://github.com/gohugoio/hugoThemes.git themes
Вы можете попробовать:
git submodule update --init
Но в основном это останавливается на первых ошибках. Если у вас нет репо, вы, вероятно, просто хотите пропустить поврежденные или закрытые репо, но я не думаю, что в git пока есть опция пропуска ошибок. Команда foreach может решить, но еще не обнаружена.