Вы должны указать задачу и добавить jvmArgs для запуска приложения весенней загрузки в файле build.gradle:
bootRun {
jvmArgs = ["-Dspring.config.location=/prop.properties"]
}
или запустить в командной строке:
gradle clean build bootRun -Drun.jvmArgs="-Dloader.config.location=/path/to/prop/file"