Во многих случаях причиной этого является max_allowed_packet. иногда на стороне сервера максимальный пакет, а иногда на стороне клиента. Попробуйте внести это изменение,
В группе параметров RDS установите max_allowed_packet to 1G
и в клиенте mysql при подключении используйте --max-allowed-packet=1G
.