Если «branch_1.0.1» внес изменения в AssemblyInfo.cs, но вы еще не зафиксировали его, вы можете попробовать сохранить ваши изменения, объединить 1.0.1 в 1.0.0, а затем снять и разрешить несмененные изменения.
Однако у вас обычно не должно быть проблем при объединении ветки 1.0.1 с 1.0.0, если 1.0.1 был запущен с 1.0.0, а с 1.0.0 не было никаких других изменений с тех пор.
Если 1.0.0 получил изменения до вашего 1.0.1 (что не должно происходить нормально), вы должны быть в состоянии разрешать конфликты во время слияния. Вы уверены, что не пропустите это?
В любом случае, я бы посоветовал вам визуализировать ваши ветки Git с графическим интерфейсом, чтобы вы могли четко понимать, как ваши коммиты применяются в вашей базовой ветке, потому что это не нормальное поведение.