bedr: бинарная проверка доступности для пути все FAIL в R - PullRequest
0 голосов
/ 29 июня 2018

Я впервые использую bedr. После загрузки библиотеки все бинарные проверки доступности завершаются неудачно.

library("bedr", lib.loc="~/R/R-3.4.4/library")
# bedr v1.0.4 #

проверка бинарной доступности ...

  • Проверка пути для кроватей ... FAIL
  • Проверка пути на бедопы ... FAIL
  • Проверка пути для tabix ... FAIL

тесты и примеры будут пропущены при проверке CMD на предмет отсутствия двоичных файлов

Первоначально я использовал R-3.5 и где-то читал, что в R-3.5 есть некоторые ошибки, которые будут причиной этого, поэтому я вернулся к R-3.4.4. Это не помогло. Кроме того, я использую корпоративный ноутбук у нового работодателя и жду получения административного доступа к установке / загрузке программ по мере необходимости. Я понимаю, что эти проблемы могут еще больше осложнить ситуацию. У кого-нибудь есть способ диагностировать истинную причину этого сбоя и / или устранить проблему?

1 Ответ

0 голосов
/ 09 октября 2018

Вы можете установить пакеты bedtools, bedops и tabix. Если вы находитесь в среде Unix, просто используйте sudo apt install для установки этих пакетов

После этого все проверки должны быть пройдены

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...