выберите счетчик (отдельный LicencePlate) из MT_Vehicle, где IsDeleted = 0 и CreatedBy = 1
var count = MT_Vehicle.Where(x => x.IsDeleted==0 && x.CreatedBy == 1) .Select(x => x.LicencePlate) .Distinct() .Count();
Вы можете написать это как:
var count = db.MT_Vehicle .Where( v => v.IsDeleted == 0 && v.CreatedBy == 1 ) .Select(v => v.LicencePlate) .Distinct() .Count();