нет ничего плохого в использовании сервиса. Вы можете перейти к созданию «серверной» части программы, которая работает как сервис и «клиентский» графический интерфейс. Но я предполагаю, что вы говорите не о программном обеспечении, которое вы разработали, а о чем-то другом.
Другим способом было бы использовать запланированные задачи, которые запускали бы программу, даже если пользователь не вошел в систему, полезны для сценариев резервного копирования и т. Д.