настройка R в среде conda с ноутбуком Юпитера - PullRequest
0 голосов
/ 29 июня 2018

Это должно быть просто, учитывая, что недавняя стадия анаконды вполне совместима с R. Я следую этому уроку,

https://www.statsmodels.org/stable/examples/notebooks/generated/mixed_lm_example.html

Однако на этой 3-й строке

%R library(lme4)

Я получил эту ошибку:

RRuntimeError                             Traceback (most recent call last)
<ipython-input-26-ce7ee867bca4> in <module>()
----> 1 get_ipython().magic(u'R library(lme4)')

/home/myname/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/IPython/core/interactiveshell.pyc in magic(self, arg_s)
   2158         magic_name, _, magic_arg_s = arg_s.partition(' ')
   2159         magic_name = magic_name.lstrip(prefilter.ESC_MAGIC)
-> 2160         return self.run_line_magic(magic_name, magic_arg_s)
   2161 
   2162     #-------------------------------------------------------------------------

/home/myname/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/IPython/core/interactiveshell.pyc in run_line_magic(self, magic_name, line)
   2079                 kwargs['local_ns'] = sys._getframe(stack_depth).f_locals
   2080             with self.builtin_trap:
-> 2081                 result = fn(*args,**kwargs)
   2082             return result
   2083 

<decorator-gen-157> in R(self, line, cell, local_ns)

/home/myname/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/IPython/core/magic.pyc in <lambda>(f, *a, **k)
    186     # but it's overkill for just that one bit of state.
    187     def magic_deco(arg):
--> 188         call = lambda f, *a, **k: f(*a, **k)
    189 
    190         if callable(arg):

/home/myname/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/rpy2/ipython/rmagic.pyc in R(self, line, cell, local_ns)
    693         finally:
    694             if self.device in ['png', 'svg']:
--> 695                 ro.r('dev.off()')
    696 
    697         if text_output:

/home/myname/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/rpy2/robjects/__init__.pyc in __call__(self, string)
    361     def __call__(self, string):
    362         p = _rparse(text=StrSexpVector((string,)))
--> 363         res = self.eval(p)
    364         return conversion.ri2py(res)
    365 

/home/myname/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/rpy2/robjects/functions.pyc in __call__(self, *args, **kwargs)
    176                 v = kwargs.pop(k)
    177                 kwargs[r_k] = v
--> 178         return super(SignatureTranslatedFunction, self).__call__(*args, **kwargs)
    179 
    180 pattern_link = re.compile(r'\\link\{(.+?)\}')

/home/myname/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/rpy2/robjects/functions.pyc in __call__(self, *args, **kwargs)
    104         for k, v in kwargs.items():
    105             new_kwargs[k] = conversion.py2ri(v)
--> 106         res = super(Function, self).__call__(*new_args, **new_kwargs)
    107         res = conversion.ri2ro(res)
    108         return res

RRuntimeError: Error in dev.off() : cannot shut down device 1 (the null device)

Кто-нибудь знает, как правильно настроить R с окружением conda и быть в состоянии использовать его вместе с python, как это делает учебник? Спасибо!

1 Ответ

0 голосов
/ 29 июня 2018

lme4 не входит в пакет conda, поэтому вам нужно установить.

https://conda.io/docs/commands/build/conda-skeleton-cran.html

Попробуйте установить пакет через кран:

./bin/conda skeleton cran lme4

А затем запустите:

./bin/conda build r-lme4/
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...