Конечно, вы можете. В прошлом я писал cgi для загрузки и сборки Python на хостинге, который разрешал только ftp доступ.
Если вы знаете целевую платформу, вам будет проще настроить виртуальную машину локально, собрать нужные вам файлы и загрузить скомпилированные версии. Убедитесь, что вы статически связываете их, если на хостинге отсутствуют библиотеки.
Лучшей идеей может быть переход на хостинг с доступом по SSH.