Остальные правы - вам нужно инициализировать ваши массивы как массивы.
Я бы также добавил, что, поскольку вы знаете BoardSize до заполнения этих массивов, вам также следует использовать это значение, чтобы избежать ненужных накладных расходов при использовании Array.push:
var points:Array = new Array(boardSize);
for (var i:uint = 0; i < points.length; i++)
{
points[i] = new Array(boardSize);
for (var j:uint = 0; j < boardSize; j++)
{
var s:StoneSprite = new StoneSprite();
// Do your work on s...
points[i][j] = s;
}
}
Затем, чтобы прочитать значения так, как вы описываете, просто используйте геттер:
private function getStone(x:uint, y:uint):StoneSprite
{
return points[x - 1][y - 1] as StoneSprite;
}