AotoMapper обеспечивает Состояние отображение
Например,
CreateMap<MyClassDTO, MyClass>()
.ForAllMembers(opts => opts.Condition((src, dest, srcMember) => srcMember != null));
Включено на глобальном уровне (не тестировалось)
Mapper.Initialize(cfg =>
{
cfg.ForAllMaps((typeMap, map) =>
map.ForAllMembers(opts => opts.Condition((src, dest, srcMember) => srcMember != null));
}