Вы используете последнюю версию?
Я только что понял, что вы, вероятно, затронуты ошибкой, появившейся в версии 2.5.0, которая была исправлена в версии 2.5.6, если я не ошибаюсь. Это мучило меня некоторое время, так как это была внутренняя проблема параллелизма, которую было трудно отследить. В основном, когда вы передаете файл без явной кодировки, он попытается найти маркер UTF BOM во входных данных (эффективно используя первый символ), чтобы автоматически определить кодировку. Это произошло только для InputStreams и Files.
В любом случае, это было исправлено, поэтому простое обновление до последней версии должно избавить вас от проблемы (пожалуйста, дайте мне знать, если вы не используете версию 2.5.something)
Если вы хотите остаться с текущей версией, которая у вас есть, ошибка исчезнет, если вы позвоните
parser.parse(inputFile, Charset.defaultCharset());
Это предотвратит попытку парсера выяснить, есть ли в вашем файле маркер спецификации, что позволит избежать этой неприятной ошибки.
Надеюсь, это поможет