Это должен быть единственный запрос, который вам нужен:
select * from dbo.test
where id in ( select id
where (date > '2018-04-25'
and date < '2018-04-27'))
В SSIS в редакторе получателей на вкладке «Поток данных» для этой операции введите 1000
для параметра «Число строк в пакете:». Не нужно пытаться делать это с циклом и топ-1000. Я настоятельно рекомендую против такого подхода, поскольку производительность будет хуже. Возможно, в геометрической прогрессии.