npx отличается от двух других, это особенность npm для запуска пакетов без установки. Что касается того, какой из них лучше между npm и yarn, то здесь нет явного «победителя» (общее правило применимо и в жизни). Лично я предпочитаю yarn, так как в моем опыте он был быстрее и менее многословен, еще одним плюсом было то, что у него был файл блокировки, но теперь у npm тоже есть (и я слышал, что новые версии также быстрее).
tl; dr: Либо на самом деле все хорошо.