Если вам не нужна совместимость, да, использование двоичной сериализации намного лучше (быстрее и компактнее), чем прямая текстовая сериализация.
Вот что делает привязку NetTcp такой быстрой по сравнению с любой привязкой Http. Но вы также можете легко сделать двоичное кодирование через Http, если вы контролируете оба конца провода.
См., Например, блог Джеффа Барнса о том, как включить двоичное кодирование по протоколу http, используя только пользовательскую конфигурацию привязки - кодирование не требуется :-)