Возможно, вы пытаетесь сделать редкий извлечение . Это означает, что вы можете извлекать только структуру каталогов хранилища и затем выбирать, какие объекты следует извлечь.
Здесь - это простое шестиступенчатое учебное пособие, в котором вы можете разрозненно оформить проверку только одного (или двух, если хотите) из трех ваших каталогов.
Или вы можете использовать подмодуль для каждого из трех каталогов. Тогда это три отдельных репозитория, но вы можете проверить всю структуру каталогов, используя git clone --recurse-submodules
Невозможно установить upstream для подкаталога, как вы его описали.