Это немного странный запрос. В любом случае, этот код должен делать то, что вам нужно. Это помогает?
import cv2
input_image = cv2.imread('input.png',0)
# Dummy mask to try since I did not have the mask image.
#ret, dummy_mask = cv2.threshold(input_image, 0, 50, cv2.THRESH_BINARY)
#mask = cv2.bitwise_not(dummy_mask)
# Your mask with 0s and 1s
mask = cv2.imread('mask.png',0)
# Retain the masked parts
non_alpha = cv2.bitwise_and(input_image, input_image, mask=mask)
# Get the alpha mask
alpha_mask = cv2.bitwise_not(mask)
alpha_source = cv2.bitwise_and(input_image, input_image, mask=mask)
alpha = cv2.bitwise_not(alpha_source)
#merge them
composite = cv2.merge((non_alpha, non_alpha, non_alpha, alpha));
cv2.imwrite("output.png", composite)