Нахождение, какие контиги входят в любой данный каркас в сборке 454-Newbler

Question

Полагаю, должен быть довольно простой скрипт для вызова, какие контиги идут в какие скаффолды. Это 454 данных, собранных с помощью Newbler.

Спасибо!

Answer 1

Может быть, вы также можете использовать grep -f:)

Answer 2

Спасибо за исправления;)

Простой 'grep' в файле 454Scaffolds.txt дает мне следующие результаты.

-bash-3.2 $ grep scaffold10511 454Scaffolds.txt строительные леса10511 1 1251 1 Вт contig368342 1 1251 + Эшафот10511 1252 2340 2 N 1089 фрагмент да строительные леса10511 2341 3244 3 Вт contig368343 1 904 + Эшафот10511 3245 5704 4 N 2460 фрагмент да строительные леса10511 5705 6500 5 Вт contig368344 1 796 + Эшафот10511 6501 7472 6 N 972 фрагмент да строительные леса10511 7473 10932 7 Вт contig368345 1 3460 + Эшафот10511 10933 11579 8 N 647 фрагмент да строительные леса10511 11580 15817 9 Вт contig368346 1 4238 + строительные леса10511 15818 19635 10 N 3818 фрагмент да строительные леса10511 19636 21767 11 Вт contig368347 1 2132 + Эшафот10511 21768 22244 12 N 477 фрагмент да строительные леса10511 22245 25733 13 Вт contig368348 1 3489 + Эшафот10511 25734 28642 14 N 2909 фрагмент да строительные леса10511 28643 32182 15 Вт contig368349 1 3540 +

Насколько я понимаю, этот эшафот основан на contig368342 -> 368349, так что на этот вопрос следует ответить;)