Добавьте вверху это в своем коде
Неограниченное время исполнения
ini_set('max_execution_time', 0);
Также вы можете добавить неограниченное использование памяти
ini_set("memory_limit", "-1");
В вашем случае также измените rowCount () следующим образом
$count = $stmtpr->rowCount();
while($count > 0)
{
$get_questionl = $user_home->runQuery('SELECT * FROM questions WHERE Level = :Level ORDER BY RAND()');
$get_questionl->bindparam(":Level",$level);
$get_questionl->execute();
$fetch_question=$get_questionl->fetch(PDO::FETCH_ASSOC);
$count--;
}