Нет, это невозможно.
(Или это будет очень очень сложно, и .exe должен быть специально подготовлен для этого.)
Не только исполняемые файлы Linux и Windows несовместимы. Вы не связываете .exe ни с чем, ни в Windows, ни в Linux, ни с чем (кроме ссылки на динамические библиотеки .dll или .so, которые всегда требуются исполняемому файлу). Обычно вы компилируете свой Fortran или другие языковые исходники в объектные файлы, а затем можете связать объектные файлы для формирования библиотеки (динамической или статической) или для создания исполняемого файла.
То, что вы могли бы теоретически сделать, если файл .exe уже требует некоторых библиотек .dll или может загружать некоторые по запросу, - это скомпилировать ваши файлы .f90 для создания этих библиотек .dll (где-то с Windows или с Компилятор Windows под Linux в Wine или с кросс-компилятором), а затем запустить все под Linux, используя Wine. Но я бы просто перекомпилировал все на Linux с нуля.