Я бы скопировал новые файлы с добавлением суффикса и случайного числа, чтобы избежать конфликта с существующими именами файлов.
Пример ...
Старый файл = "myfile.txt", новый файл = "myfile.txt.new.285387".
Тогда, когда процесс копирования закончится, я бы ...
-Переименуйте старый файл как «myfile.txt.old.3464353».
-Переименуйте новый файл как «myfile.txt»
-Наконец старая будет стерта.