Разве вы не можете сделать то же самое, что и в Windows? То есть поместить python3 в $ PATH.
Обновление:
Один из вариантов - обновить машинную среду Linux, чтобы она имела указатель python на python3. Если это невозможно или вы хотите, чтобы это действовало только для TC, вы можете перезаписать PATH в Teamcity на уровне проекта или на уровне конфигурации сборки.
В начале PATH укажите путь, содержащий ссылку на python, указывающую на python3.
PS. При указании переменной окружения в TC не используйте конструкции типа path: $ PATH, так как $ PATH не будет раскрыт.