Вы не указали правильный ресурс.
jquery-sortable.js, который вы включили в свой jfiddle, не является jQuery UI, это https://johnny.github.io/jquery-sortable/; совершенно другой плагин. Методы сериализации не работают одинаково.
Обновлено с помощью jquery ui в качестве ресурса (работает):
https://jsfiddle.net/3ey35xLn/6/
$(document).ready(function(){
$('.sortable-items').sortable({
cursor: "move",
containment: "parent"
});
$('#aggregate').on('click',function(){
$('.sortable-items').each(function(){
console.log( $(this).sortable('serialize'));
});
});
});
(код не изменен, просто опубликован, так как код необходим для публикации jfiddle)