Не уверен, что это то, что вы ищете, но вы можете напрямую использовать доступные графические устройства и записать свой график в файл, например, следующим образом (отметьте ?device для других форматов файлов):
# specify the device / file format (and start device)
png(file = "myplot.png")
plot(1:2, 1:2, type = "l")
#turn off the device
dev.off()