Я бы сказал что-то вроде этого:
select
R.region_id as Id
,R.region_name as Name
,IndividualReports.IndividualreportCount
,AgencyReports.AgencyreportCount
,isnull(IndividualReports.IndividualreportCount,0) + isnull(AgencyReports.AgencyreportCount,0) as TotalCountPerRegion
from region R
outer apply (
select count(*)
from governorate G
join IndividualReports IR
on g.governorate_id=IR.governorate_id
where r.region_id=g.region_id
) IndividualReports(IndividualreportCount)
outer apply (
select count(*)
from governorate G
join AgencyReports AR
on g.governorate_id=AR.governorate_id
where r.region_id=g.region_id
) AgencyReports(AgencyreportCount)
group by
R.region_id
,R.region_name
Если вы хотите получить общую сумму, просто возьмите все, кроме суммы, и оберните с помощью SUM ().