Вы можете заблокировать доступ к папке с помощью этого кода в .htaccess
<Directory "/file/">
deny from all
</Directory>
Вы должны изменить «файл» по имени ваших файлов.
Но я не знаю, если это то, что вы ищете, так что вы можете сделать это тоже:
RewriteEngine on
RewriteRule ^(.+)$ index.php