Если вы используете InnoDB, то вы можете установить innodb_buffer_pool_size как минимум таким же большим, как ваши данные и индексы. Затем при доступе к данным они будут кэшироваться в памяти, и все последующие обращения будут осуществляться через память.
Если вы хотите предварительно кэшировать данные, вы можете выполнить некоторые из ваших общих запросов или выполнить полное сканирование таблицы / индекса, чтобы заставить его загрузить все данные в память.
Для mysqld существует опция init-file, которая позволяет серверу автоматически выполнять некоторые команды при запуске, где вы можете включить запросы предварительного кэширования для выполнения.
Имейте в виду, что вам не нужно исчерпывать память, поэтому будьте осторожны с слишком большим значением innodb_buffer_pool_size.