Я думаю, что самым простым способом было бы создать два словаря для отслеживания двух значений, которые вас интересуют: суммы и списки суффиксов.
from collections import defaultdict
d1, d2 = defaultdict(int), defaultdict(list)
d = {'A1BB11': 10,
'B1CC55': 20,
'A1A11': 30,
'A1A21': 40,
'B1HH21': 50,
'C1KK88': 60
}
for k, v in d.items():
prefix = k[:2]
d1[prefix] += v
d2[prefix].append(k[2:])
final = {'{}({})'.format(k, d1[k]): v for k, v in d2.items()}
print(final)
# {'A1(80)': ['BB11', 'A11', 'A21'],
# 'B1(70)': ['CC55', 'HH21'],
# 'C1(60)': ['KK88']}