Вы всегда можете получить необработанный указатель на ваши данные и использовать его вместе с размером.
std::partial_sum(array.data(), array.data() + array.rows() * array.cols(), output.data());
Однако в Eigen доступны 2D итераторы, если вы хотите сначала выполнить итерацию по одному измерению, а затем по другому для каждого элемента.