Один общий способ для любого данного списка индексов может состоять в том, чтобы просто зациклить ваши пары индексов, где вы хотите назначить 0
import numpy as np
a=np.random.rand(5,5)
indices = [[1,1],[1,2],[2,1],[2,2] ]
for i in indices:
a[tuple(i)] = 0
print (a)
array([[0.16014178, 0.68771817, 0.97822325, 0.30983165, 0.60145224],
[0.10440995, 0. , 0. , 0.09527387, 0.38472278],
[0.93199524, 0. , 0. , 0.11230965, 0.81220929],
[0.91941358, 0.96513491, 0.07891327, 0.43564498, 0.43580541],
[0.94158242, 0.78145344, 0.73241028, 0.35964791, 0.62645245]])