Вы можете иметь эту структуру:
/core - a pure dart code, with dependencies, etc
/app1 - in this pubspec.yaml, just put: as dependencie:
core:
path: ../core
/app2
core:
path: ../core
Таким образом, вы называете свой основной проект зависимостью app1 и app2.
Посмотрите этот проект как пример: https://github.com/roughike/inKino.
Он разделяет core
проект на приложение флаттера и веб-приложение.