JBoss поставляется с фильтром журналирования под названием TCLFilter, который позволяет фильтровать приложения, которые были сгенерированы. См. эту страницу о том, как ее использовать.
Зависит от того, как вы развертываете ваши EJB JAR, это может или не может работать. Если все они находятся в одном EAR, то я думаю, что вам не повезло, если вы не можете настроить TCLFilter для указания отдельного EJB JAR в EAR. Если EJB-файлы JAR развернуты сами по себе, то TCLFilter будет довольно легко начать работать.