Воспроизводится в Windows и Mac OS.
В нашем проекте есть хук предварительной фиксации, который запускает PHP-CS-Fixer , который изменяет количество пустых строк между методами в файле (уменьшается от многих до одного). После этого он заставляет git add <modified_file>
произвести это изменение.
Когда мы фиксируем из PhpStorm Commit Dialog ( Ctrl + K ), он успешно фиксируется, а затем вызывает странное состояние этого диалога (нажмите Ctrl + K снова после фиксации) с сообщением " Содержание идентично "(см. Первый скриншот).
Диалог фиксации PhpStorm после фиксации с изменениями пустых строк

Что мы увидим, если запустить git status после коммита

Что мы увидим, если запустить git diff после коммита

Примечание. Если мы выполняем коммит из командной строки (а не из диалога фиксации PhpStorm), все идет нормально.
( ОБНОВЛЕНИЕ ) Примечание 2: Если предварительная фиксация (php-cs-fixer) внесла изменения, не связанные с пустыми строками, все также будет в порядке.
Что мы делаем не так? Это проблема, связанная с фиксацией PhpStorm? Как это исправить?