np.add.at
сделает это, просто передав оба индекса как один двумерный массив / список:
a = np.zeros([4,5])
xs = [1, 1, 1, 3]
ys = [2, 2, 3, 0]
np.add.at(a, [xs, ys], 1) # in-place
print(a)
array([[0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 2., 1., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0.],
[1., 0., 0., 0., 0.]])