Способ обработки и исполнения кода, написанного на двух языках, полностью идентичен после начального шага, когда исходные коды Kotlin и Java скомпилированы в байт-код с помощью kotlinc и javac соответственно. После этого у вас просто есть .class файлы, которые обрабатываются одинаково в дальнейшем, через процесс dexing вплоть до возможного выполнения виртуальной машиной на устройстве.
Если вы сами посмотрели на байт-код, вы, вероятно, могли бы сказать, из какого исходного языка был скомпилирован данный класс, основываясь на определенных характерных структурах и метаданных, но инструментам, обрабатывающим их в дальнейшем, не будет все равно, потому что они уже находятся в общий формат, который они могут использовать.