Можно ли вызвать командную строку службы IIS из командной строки и передать параметры?
Да. Напишите консольное приложение, которое вызывает службу WCF, а затем вызовите консольное приложение из командной строки.
Это будет зависеть от того, какую привязку использует ваша служба WCF, но с cURL вы можете публиковать практически все по заданному URL.