Я не уверен, что это проблема с версией, но я получаю оценки вероятности.
Я использовал фиктивную сеть для проверки вывода:
from keras import layers
from keras import models
from keras import __version__ as used_keras_version
import numpy as np
model = models.Sequential()
model.add(layers.Dense(5, activation='sigmoid', input_shape=(1,)))
model.add(layers.Dense(1, activation='sigmoid'))
print((model.predict(np.random.rand(10))))
print('Keras version used: {}'.format(used_keras_version))
Возвращает к следующему выводу:
[[0.252406 ]
[0.25795603]
[0.25083578]
[0.24871194]
[0.24901393]
[0.2602583 ]
[0.25237608]
[0.25030616]
[0.24940264]
[0.25713784]]
Keras version used: 2.1.4
Действительно странно, что вы получаете только двоичный вывод 0 и 1. Тем более, что сигмовидный слой действительно возвращает значения с плавающей точкой.
Надеюсь, это поможет как-то.