Что касается мерцания, то это из-за вызовов Ajax .load, которые вы делаете. Но с точки зрения того, как вы должны упорядочить свои сценарии, обычно вы хотите, чтобы локальные сценарии запускались первыми, CDN обычно сохраняются в качестве резервной копии, если локальные не могут загружаться.
Ваш основной скрипт должен быть в вашем теле, это потому, что функциональность вашего основного скрипта обычно зависит от DOM. (Это должно помочь с мерцающей проблемой)
Jquery всегда должен быть после метатегов, но перед любым сценарием, которому необходим доступ к Jquery.
Надеюсь, это поможет!