Попробуйте стратегию класса результата:
1) Создайте новый класс ResultClass с конструктором, принимающим результаты вашего запроса:
public class ResultClass{
public ResultClass(Integer id, Long count){..}
}
2) Немного изменить запрос:
@Query("select new com.mypackage.ResultClass(t.e.id, count(t.id)) from...")
public List<ResultClass> query(..);
Просто убедитесь, что аргументы конструктора находятся в том же порядке, что и столбец в операторе select.