Подход 1
Плюсы : поиск выполняется очень быстро и соответствует концепции и рекомендациям документа MongoDB. Только документ, который нужно обновить, и он будет быстрее
Минусы : размер документа будет увеличиваться с каждым действием и может достигать жесткого ограничения в 16 МБ. если вы уверены, что комментарии и ответы очень ограничены, тогда это нормально.
Подход 2
Плюсы : Если вы хотите загружать ответы для комментариев на запрос пользователя, это будет хорошо, потому что ваш документ с комментарием будет иметь небольшой вес и будет сильно контролировать размер данных
Минусы : В MongoDB 4.0 у нас есть поддержка многодокументных транзакций, которая ранее не поддерживалась, что создавало проблему, если вы могли обновить ответ, но при обновлении произошла ошибка Комментарий. Второе - это то, что при каждом обновлении вам еще не нужно обновлять 2 документа.
Так что подход 1 или 2 зависит от вашего варианта использования. Если комментарии и ответы ограничены, подход 1 будет лучше другого подхода с поддержкой транзакций Mongodb 4.0.